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在食品行業(yè)中，木瓜蛋白酶可用于肉類嫩化、啤酒澄清、餅干松化等用途。

啤酒澄清劑

引起啤酒冷藏混濁時(shí)主要原因是啤酒中的蛋白質(zhì)極易與多元酚結(jié)合成大分子的復(fù)合物。利用啤酒澄清劑中的木瓜蛋白酶對(duì)形成混濁的蛋白質(zhì)有廣泛的特異性，能把大分子的蛋白質(zhì)降解成小分子的物質(zhì)，提高了蛋白質(zhì)與多元酚復(fù)合物的溶解度；另一方面，木瓜蛋白酶是一種具有生物活性的蛋白質(zhì)，該蛋白質(zhì)可與引起啤酒冷藏混濁的多元酚形成穩(wěn)定狀態(tài)平衡，防止了啤酒的冷藏混濁。

肉類嫩化劑

利用木瓜蛋白酶能裂解肉類中的膠原蛋白和肌肉纖維，而使肉的結(jié)構(gòu)松散。由于木瓜蛋白酶是半胱氨酰基蛋白酶，能降解膠原纖維和結(jié)締組織蛋白質(zhì)，它將肌動(dòng)球蛋白和膠原蛋白降解成為小分子的多肽甚至氨基酸, 令肌肉肌絲和筋腰絲斷裂, 使肉類變得嫩滑，并簡(jiǎn)化蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)使人體食用后易于消化吸收。